MES系统生产制造工序质量控制的基本原理是选用数理统计方式，根据对工序一部分(子样)检测的数据信息，开展统计分析，剖析，来分辨整道工序的质量是不是平稳，一切正常，若不稳定，造成异常现象须立即采用防范措施和对策给予改进，进而完成对工序质量的控制。
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MES系统在开展工序质量控制时，应侧重于下列四方面的工作中。
第一，MES软件系统应当积极控制工序主题活动标准的质量，工序主题活动标准包含的內容较多，关键就是指危害质量的五大要素：即工程施工作业者，原材料，工程施工工业设备，工程施工方式和工程施工自然环境等，只需将这种要素行之有效地控制起來，使他们处在被控制情况，保证 工序投入品的质量，防止系统性要素基因变异产生，就能确保每道工序质量一切正常，平稳。
第二，MESMES软件系统要设定工序质量控制点，控制点就是指为了更好地确保工序质量而开展控制的关键，或重点部位，或薄弱点，便于在一定阶段内，一定标准下开展强化管理，使工序处在优良的控制情况。
第三，MES软件系统要严格执行工艺规程，施工技术和安全操作规程，是开展生产制造实际操作的根据和政策法规，是保证生产制造工序质量的前提条件，所有人都务必严格遵守，不可触犯。
第四，MES软件系统要立即检测工序主题活动实际效果的质量，生产制造工序主题活动实际效果是点评工序质量是不是符合规定的限度，因此，务必提升质量检测工作中，对质量情况开展综合性统计分析与剖析，立即把握质量动态性，一旦发觉质量难题，随后科学研究解决，从始至终使工序主题活动实际效果的质量，达到标准和规范的规定。
近些年，许多生产制造领域，如钢材，汽配行业等，逐渐实施了MESMES系统系统，MES系统的运用给公司来啦巨大的使用价值，并获得越大的高度重视，那麼怎样才可以取得成功实施MES系统呢。
（1）系统总体规划是重要，要逐层实施开展，先是对公司要求开展整体上的整体规划剖析，尤其是基本的绩效考评指标值设计方案，随后对系统和互联网等基础设施建设开展分配，后进行公司业务流程时兴的总体方案设计，业务流程优化等工作中。
（2）MES系统涉及到了许多数据信息，因而数据信息的商业数据分析，数据信息的怎样合理解决是实施早期的关键工作中。
（3）MES系统剖析的是生产制造生产过程的全部信息内容，包含了业务流程流和信息流广告两大类，因而要理好企业生产管理中的这两大类流。
（4）为更强开展MES系统的应用架构与作用配备，理应创建有关加工厂有关的实体模型与涉及到方式，例如产品模型，資源应用实体模型等。